Suur osa Riigikogu tööst tehakse komisjonides. Alatised komisjonid katavad riigielu valdkondade kaupa ning nende peamine ülesanne on arutada ja ette valmistada seaduseelnõusid. Erikomisjonid moodustatakse kindlate ülesannete täitmiseks. Kui lahendamist vajab mõni olulise tähtsusega üksikküsimus, moodustatakse selleks uurimis- või probleemkomisjon.
Riigikogus on 11 alatist komisjoni. Iga alatine komisjon töötab läbi kindla valdkonna seaduseelnõud. Eesti liitumisel Euroopa Liiduga 2004. aastal lisandus senisele kümnele Riigikogu alatisele komisjonile veel üks – Euroopa Liidu asjade komisjon.
Euroopa Liidu asjade komisjon
Euroopa Liidu asjade komisjonil on Riigikogus Euroopa Liidu küsimustes otsustav ja koordineeriv roll.
Keskkonnakomisjon
Keskkonnakomisjon tegeleb keskkonnapoliitikat ja -kaitset, loodusressursside kasutamist ning looduskaitset käsitlevate eelnõudega.
Kultuurikomisjon
Kultuurikomisjon tegeleb haridus- ja kultuurialase seadusloomega.
Maaelukomisjon
Maaelukomisjon tegeleb maaelu- ja põllumajanduspoliitikaga.
Majanduskomisjon
Majanduskomisjon suunab seadusloomet ja kontrollib valitsust majandusega seotud või seda otseselt mõjutavates valdkondades.
Põhiseaduskomisjon
Põhiseaduskomisjon arutab põhiõiguste kaitse üldisi küsimusi ning menetleb põhiseaduslikke institutsioone käsitlevaid eelnõusid.
Rahanduskomisjon
Rahanduskomisjon tegeleb rahanduspoliitikaga seotud õigusaktidega, näiteks riigieelarve ning maksunduse ja panganduse eelnõudega.
Riigikaitsekomisjon
Riigikaitsekomisjon tegeleb riigi julgeolekut ja kaitset reguleerivate eelnõudega.
Sotsiaalkomisjon
Sotsiaalkomisjon tegeleb töövaldkonda, sotsiaalhoolekannet, sotsiaalkindlustust ja tervishoidu käsitlevate eelnõudega.
Väliskomisjon
Väliskomisjon osaleb Eesti välispoliitika kujundamisel ja välissuhtlemise põhimõtete väljatöötamisel ning kontrollib valitsuse välispoliitilist tegevust.
Õiguskomisjon
Õiguskomisjoni töö hõlmab eraõigust, kriminaalõigust ja sisejulgeolekut reguleerivad eelnõusid.
Erikomisjonid luuakse kindlate ülesannete täitmiseks. Uurimis- või probleemkomisjonid moodustatakse selleks, et lahendada mõni olulise tähtsusega üksikküsimus. Nendes komisjonides seaduseelnõusid ei arutata ja nende tööperiood võib olla Riigikogu koosseisu tööajast lühem (v.a erikomisjonid). Istungid toimuvad vastavalt Riigikogu töögraafikule. Tutvuge näiteks Riigikogu korruptsioonivastase erikomisjoni tööga.
Nende komisjonide koosseis, asendusliige igale komisjoni liikmele, ülesanded ja tegevusest aruandmise kord määratakse Riigikogu otsusega. Riigikogu liige võib eri-, uurimis- või probleemkomisjoni kuuluda, kuid tal ei ole selleks kohustust.
Korruptsioonivastane erikomisjon
Korruptsioonivastane erikomisjon teostab järelevalvet korruptsioonivastaste meetmete rakendamise üle.
Riigieelarve kontrolli erikomisjon
Riigieelarve kontrolli erikomisjon jälgib, et riigi eelarve vahendeid ja riigi vara kasutataks säästlikult, otstarbekalt ja õiguspäraselt.
Julgeolekuasutuste järelevalve erikomisjon
Julgeolekuasutuste järelevalve erikomisjon teostab järelevalvet julgeolekuasutuste ja jälitusametkondade tegevuse üle.
Venemaa Föderatsiooni mõjutustegevuse, selle rahastamise viiside ning sellega seotud riskide uurimiskomisjon
Komisjon uurib Venemaa Föderatsiooni mõjutustegevuse ulatust ja rahastamist Eestis, selle mõju ühiskonnale ja julgeolekule ning teeb ettepanekuid seotud riskide ennetamiseks ja vähendamiseks.
Eesti keele õppe arengu probleemkomisjon
Tegevus lõppes 20.02.2023 Komisjon uuris eesti keelega seotud riiklike poliitikate põhialuste, valdkonna arengukavade ja programmide hetkeseisu ning tegi ettepanekuid kvaliteetse eesti keele õppe tagamiseks ning õppevahendite, õppekavade, metoodikate ja õpetajate ettevalmistamiseks.
Rahvastikukriisi lahendamise probleemkomisjon
Tegevus lõppes 08.06.2021 Pärast iseseisvuse taastamist on Eesti rahvaarv pidevalt vähenenud, probleemkomisjon soovis leida üles murekohad ja pakkuda olukorra muutmiseks lahendusi.
Probleemkomisjon rahvastikukriisi lahendamiseks
Tegevus lõppes 29.03.2019 Pärast iseseisvuse taastamist on Eesti rahvaarv pidevalt vähenenud, probleemkomisjon soovis leida üles murekohad ja pakkuda olukorra muutmiseks lahendusi.
Probleemkomisjon riigireformi arengusuundade väljatöötamiseks
Tegevus lõppes 29.03.2019 Komisjon jälgib ja analüüsib haldusreformi elluviimist ja regionaalhalduse ümberkorraldamist ning neile seatud eesmärkide saavutamist.
Uurimiskomisjon võimalike korruptsiooniriskide tuvastamiseks aktsiaseltsis Tallinna Sadam
Tegevus lõppes 14.06.2016 Komisjon uuris võimalikku korruptsiooni AS-i Tallinna Sadam juhtkonnas ja võimalusi tulevikus sellelaadsete juhtumite vältimiseks.
Riigikogu moodustab erikomisjoni seadusest või välislepingust tulenevate ülesannete täitmiseks. Kõigi Riigikogu koosseisude ajal on erikomisjonina töötanud julgeolekuasutuste järelevalve komisjon, mille eesmärk on kontrollida kaitsepolitsei ja jälitustegevuse seaduslikkust.
Uurimiskomisjon moodustatakse avalikku huvi pakkuva sündmuse asjaolude uurimiseks. Uurimiskomisjon esitab Riigikogule vähemalt kord aastas vahearuande oma tegevuse kohta ning tegevuse lõpetamisel lõpparuande.
XV Riigikogu moodustas uurimiskomisjoni Venemaa Föderatsiooni mõjutustegevuse, selle rahastamise viiside ja sellega seotud riskide välja selgitamiseks.
Probleemkomisjoni võib moodustada mõne olulise tähtsusega küsimuse läbitöötamiseks. Näitena võib siinkohal nimetada XIV Riigikogus moodustatud komisjonid rahvastikukriisi lahendamiseks ja eesti keele õppe arengu toetamiseks.
Esimehe äraolekul täidab tema ülesandeid aseesimees. Vabariigi Valitsuse liikmel on õigus osaleda komisjoni istungil sõnaõigusega.
Iga Riigikogu liige kuulub ühte alatisse komisjoni.
Erandiks on Euroopa Liidu asjade komisjon, kus on esindatud ka kõigi teiste alatiste komisjonide liikmed. Komisjonidesse ei kuulu vaid Riigikogu esimees ja aseesimehed.
Alatiste komisjonide kohad jaotab Riigikogu juhatus fraktsioonide vahel, arvestades nende suurust. Mida suurem fraktsioon, seda rohkem kohti. Selle, kes millises komisjonis tööle hakkab, otsustavad fraktsioonid ise.