1999. aasta 18. märtsil valiti IX Riigikogu esimeheks Toomas Savi. Riigikogu aseesimeesteks valiti Tunne-Väldo Kelam ja Siiri Oviir.

Samuti valiti 2000. aasta 16. märtsil uuesti IX Riigikogu esimeheks Toomas Savi ning aseesimeesteks Tunne-Väldo Kelam ja Siiri Oviir.

2001. aasta 8. märtsi juhatuse valimistel valiti Riigikogu esimeheks Toomas Savi ning aseesimeesteks Tunne-Väldo Kelam ja Peeter Kreitzberg.

2002. aasta 28. veebruaril valiti taas Riigikogu esimeheks Toomas Savi. Esimeseks aseesimeheks valiti Peeter Kreitzberg ja teiseks aseesimeheks Tunne-Väldo Kelam.