Pärast Eesti liitumist Euroopa Liiduga kandus osa Riigikogu seadusandlikest funktsioonidest EL tasandile, kus Eestit esindavad Vabariigi Valitsuse liikmed.

Sellise seadusandliku võimu osalise üleandmise kompenseerimiseks muutis Riigikogu 2004. a. märtsis Riigikogu kodukorra seadust. Parandused andsid parlamendile vahendid parlamentaarse järelevalve teostamiseks valitsuse tegevuse üle EL tasandil. Samuti tagas see seadusandliku võimu kaasamise EL otsustusprotsessi ja EL küsimuste siseriiklikku koordinatsioonimehhanismi. 

Uuendatud Riigikogu kodukorra seadus andis Euroopa Liidu asjade komisjonile Riigikogu alalise komisjoni staatuse. Erinevalt teistest Riigikogu alalistest komisjonidest, ei tegele EL asjade komisjon siseriikliku õigusloomega.

Kuni paranduste ja täienduste tegemiseni Riigikogu kodukorra seadusesse märtsis 2004 oli Riigikogul erikomisjoni staatusega Euroopa asjade komisjon, mis muu hulgas jälgis valitsuse tegevust liitumiseelsete ettevalmistuste ja hiljem ka liitumisläbirääkimiste käigus. Euroopa asjade komisjoni, nagu ka terve Riigikogu mandaat EL küsimuste kontekstis ei olnud otseselt sätestatud õigusaktidega, järelvalve aluseks olid siis peamiselt hea tava ja traditsioonid ja Euroopa asjade komisjoni moodustamise otsuses mainitud komisjoni tegevussuunad.

Riigikogu EL asjade komisjonil on Eesti parlamendis EL asjadega tegelemises otsustav ja koordineeriv roll. Komisjon annab seisukoha Vabariigi Valitsuse poolt esitatud Eesti positsioonidele (mandaadi) EL õigusaktide eelnõude kohta ja Eesti seisukohtadele ministrite nõukogu kohtumisteks (erandiks on ühine välis- ja julgeolekupoliitika, mille puhul neid funktsioone täidab väliskomisjon).