Komisjoni koosseis erineb teiste Riigikogu komisjonide koosseisust: selles on vähemalt 15 liiget. Liikmete määramisel EL asjade komisjoni on Riigikogu fraktsioonidel palutud pidada silmas vajadust, et esindatud oleksid ka kõik teised valdkondlikud komisjonid.
EL asjade komisjon on ka selle poolest erandlik, et iga ELAKi liige on samal ajal mõne teise valdkondliku alalise komisjoni liige. Riigikogu juhatuse liikmed võivad olla EL asjade komisjoni liikmed, mis teiste komisjonide puhul pole võimalik.