Komisjoni töö järgib kahte põhijoont: ministrite nõukogu (ja Euroopa Ülemkogu) kohtumised ja Euroopa Komisjoni esitatavad EL õigusaktide eelnõud.  

Vabariigi Valitsus saadab Euroopa Komisjoni algatused Riigikogu juhatusele koos valitsuse seisukoha-, seletuskirja- ja muu vajaliku dokumentatsiooniga. Juhatus määrab oma otsusega ühe või mitu valdkondlikku komisjoni EL asjade komisjonile arvamust andma. 

Pärast valdkondlike alaliste komisjoni arvamuse kättesaamist arutab EL asjade komisjon eelnõud ja esitab valitsusele oma seisukoha.

Ministrite nõukogu kohtumiste puhul saadab valitsus EL asjade komisjonile valituse poolt vastu võetud Eesti seisukohad ning vastav minister tuleb komisjoni nende selgitamiseks ja arutamiseks komisjoni liikmetega. Pärast EL asjade komisjoni istungit saadetakse komisjoni seisukohad valitsusele. Komisjon võib ka seisukohavõtust keelduda.

Sarnaselt teiste Vabariigi Valitsuse liikmetega esineb peaminister komisjoni ees enne Euroopa Ülemkogu kohtumisi.

Vabariigi Valitsus on kohustatud juhinduma Riigikogu EL asjade komisjoni seisukohast. Kui Vabariigi Valitsus pole seda teinud, esitab ta EL asjade komisjonile või väliskomisjonile esimesel võimalusel selle kohta selgituse. Peamise põhjusena aktsepteerib Riigikogu neid situatsioone, kus Eesti jääks Riigikogu poolt antud seisukohta kaitstes läbirääkimistel isolatsiooni.

Vastav ministeerium esitab EL asjade komisjonile memorandumi (aruande), mis sisaldab ministrite nõukogu koosolekul arutatut ja langetatud otsuseid.