Aastast 1997 on komisjoni liikmed osalenud vaatlejatena Euroopa Ühenduse Küsimustega Tegelevate Parlamendikomisjonide Konverentsil (COSAC).

1. maist 2004 on Eesti parlamendiliikmed COSACi täisliikmed. COSAC konverentside käigus vahetatud informatsioon ning seal loodud isiklikud sidemed on aidanud kaasa Eesti parlamentaarse järelevalve süsteemi loomisele.

Lisaks on loodud kahepoolsed ja mitmepoolsed kontaktid. Liitumise ajal peeti nn. 5+1 (Eesti, Poola, Sloveenia, Ungari, Tšehhi Vabariik ja Küpros) formaadis Euroopa asjade komisjoni esimeeste koosolekuid (Eesti, Läti ja Leedu EL asjade komisjoni esimeeste kolmepoolsed kohtumised toimuvad regulaarselt Balti koostöö ühe vormina. Viimasel ajal on nende kohtumistega ühinenud ka Poola, muutes nad EL asjade komisjoni esimeeste 3+1 kohtumisteks. Samuti toimuvad komisjoniesimeeste kohtumised Põhjamaade ja Eesti, Läti, Leedu ning Poola vahel. Riigikogu EL asjade komisjoni esimehe initsiatiivil kutsuti 2006 aasta sügisel Põhjamaade ja Baltimaade ning Poola kohtumistele ka Saksamaa mõlema parlamendikoja EL asjade komisjoni esimehed.

Koostöö Euroopa Parlamendiga institutsionaliseeriti aastal 1997 Parlamentaarse Ühiskomitee vormis, milles Euroopa asjade komisjon moodustas Riigikogu-poolse delegatsiooni. Pärast EL-ga ühinemist on Parlamentaarse Ühiskomitee tegevus lõpetatud ja koostöö Euroopa Parlamendiga on põhiliselt toimunud Euroopa Parlamendi kuue eestlasest liikme kaudu, samuti valdkondlike komisjonide kontekstis. Juba mõni kuu pärast liitumist otsustas Riigikogu EL asjade komisjon avada oma koosolekud osalemiseks Euroopa Parlamendi Eestist valitud liikmetele (hääleõiguseta).