EL asjade komisjoni sekretariaat koosneb viiest ametnikust: sekretariaadi juhataja, kaks nõunikku Tallinnas ja üks Brüsselis Euroopa Parlamendi juures ning konsultant. Tööülesanded on ametnike vahel jagatud vastavalt Euroopa Liidu poliitikavaldkondadele, et võimaldada selgemat vastutust ja komisjoni dokumentide paremat ettevalmistamist.
Sekretariaadi töötajad osalevad ka valitsusametnikest koosneval Euroopa Liidu koordinatsioonikogu iganädalastel koosolekutel. Koordinatsioonikogu valmistab ette EL-ga seotud küsimusi valitsuse istungiteks.